各地域の気象、交通機関を管理するコンピュータが、Dr.ワイリーの手によって暴走を始めた。ワイリーの計画を阻止するため、ニューロックバスターを装備したロックマンは、新たな戦いの場に飛び込んでいく。
| ボス名 | 弱点武器 |
入手武器 |
| ジェミニマン | サーチスネーク | ジェミニレーザー |
| スネークマン | スパークショック | サーチスネーク |
| スパークマン | シャドーブレード | スパークショック |
| シャドーマン | ジェミニレーザー | シャドーブレード |
| ドリルマン | ダイブミサイル | ドリルボム |
| ダストマン | ドリルボム | ダストクラッシャー |
| ダイブマン | スカルバリアー | ダイブミサイル |
| スカルマン | ダストクラッシャー | スカルバリアー |
| ジャイアントスージー | スパークショック | |
| パンク | スクリュークラッシャー | |
| ワイリーマシンワールド3号(第一形態) | ||
| ワイリーマシンワールド3号(第二形態) | スクリュークラッシャー |
