毎度敗北を負うDr.ワイリーは、打開策としてある秘策を思いつく。それは、開発段階のタイムマシンを盗み出して未来へ行き、未来のロックマンを捕まえ改造してしまうというものであった。そしてワイリーの手下となった未来のロックマンが、現在のロックマンに立ちふさがる。
| ボス名 | 弱点武器 | 入手武器 |
| メタルマン | クラッシュボム | メタルブレード |
| ウッドマン | メタルブレード | リーフシールド |
| エアーマン |
リーフシールド |
エアーシューター |
| クラッシュマン | エアーシューター | クラッシュボム |
| ニードルマン | タップスピン・エアーシューター | ニードルキャノン |
| マグネットマン |
ニードルキャノン メタルブレード |
マグネットミサイル |
| ハードマン | マグネットミサイル | ハードナックル |
| タップマン | ハードナックル | タップスピン |
| クイント | ハードナックル | サクガーン |
| ワイリーマシンワールド2号 | なし |
