度重なるDr.ワイリーの世界征服計画も、ロックマンとその仲間による活躍により世界は守られてきた。そしてワイリーは姿を消し、世界に平和が訪れた。その数ヵ月後、ロックマンは散歩中に謎のロボットのアースに出会い応戦したが、スーパーロックバスターすら効かず、逆に攻撃を受け倒されてしまう。ライト研究所に運び込まれたロックマンは、新たにロックンアームを装備して世界中で破壊活動を行っているスペースルーラーズとの戦いに向かう。
| ボス名 | 弱点武器 | 入手武器 |
| マーキュリー | ブラックホール | スナッチバスター |
| ビーナス | フォトンミサイル | バブルボム |
| マーズ | ソルトウォーター | フォトンミサイル |
| ネプチューン |
フォトンミサイル スパークチェーサー |
ソルトウォーター |
| ダークムーン | フォトンミサイル | なし |
| ジュピター | バブルボム | エレクトリックショック |
| サターン | エレクトリックショック | ブラックホール |
| ウラノス | ブレイクダッシュ | ディープディーガー |
| プルート | スナッチバスター | ブレイクダッシュ |
| アース | ディープディーガー | スパークチェーサー |
| エンカー | ||
| クイント | フォトンミサイル・タンゴ | |
| パンク | バブルボム・ソルトウォーター | |
| バラード | バブルボム・ブレイクダッシュ | |
| エル(アール)・ナックル | ソルトウォーター | |
| ブレーンクラッシャー(第一形態) | ||
| ブレーンクラッシャー(第二形態) | スパークチェーサー | |
| サンゴッド | スパークチェーサー・タンゴ |
同じステージで４回コンティニューするとライト研究所に行きロックンアームが強化されてロックンアームのスピードが早くなる。 さらに5回コンティニューすると、ロックンアームが強化されて、ロックンアームのスピードがさらに早くなる。 ただし、パスワードでは記憶されない。
