ロックマンに敗れたDr.ワイリーであったが、野望は絶やさず、新たなロボット達を造り、またも世界征服を企む。その動向を知ったロックマンは、再び平和を取り戻すため、戦場へと舞い戻るのであった。
| ボス名 | 弱点武器 |
入手武器 |
|
カットマン |
ファイヤーストーム | ローリングカッター |
| アイスマン | サンダービーム | アイススラッシャー |
| ファイヤーマン | アイススラッシャー |
ファイヤーストーム |
| エレキマン | ローリングカッター |
サンダービーム |
| バブルマン | クイックブーメラン | バブルリード |
| ヒートマン | バブルリード | アトミックファイヤー |
| クイックマン | タイムストッパー | クイックブーメラン |
| フラッシュマン | アイススラッシャー | タイムスストッパー |
| エンカー | ロックバスター | ミラーバスター |
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ワイリーマシンワールド1号(第一形態) |
クイックブーメラン・アトミックファイヤー |
なし |
| ワイリーマシンワールド1号(第二形態) | ミラーバスター | なし |
