度重なるDr.ワイリーの世界征服計画も、ロックマンとその仲間による活躍により世界は守られてきた。そしてワイリーは姿を消し、世界に平和が訪れた。その数ヵ月後、ロックマンは散歩中に謎のロボットのアースに出会い応戦したが、スーパーロックバスターすら効かず、逆に攻撃を受け倒されてしまう。ライト研究所に運び込まれたロックマンは、新たにロックンアームを装備して世界中で破壊活動を行っているスペースルーラーズとの戦いに向かう。
ボス名 | 弱点武器 | 入手武器 |
マーキュリー | ブラックホール | スナッチバスター |
ビーナス | フォトンミサイル | バブルボム |
マーズ | ソルトウォーター | フォトンミサイル |
ネプチューン |
フォトンミサイル スパークチェーサー |
ソルトウォーター |
ダークムーン | フォトンミサイル | なし |
ジュピター | バブルボム | エレクトリックショック |
サターン | エレクトリックショック | ブラックホール |
ウラノス | ブレイクダッシュ | ディープディーガー |
プルート | スナッチバスター | ブレイクダッシュ |
アース | ディープディーガー | スパークチェーサー |
エンカー | ||
クイント | フォトンミサイル・タンゴ | |
パンク | バブルボム・ソルトウォーター | |
バラード | バブルボム・ブレイクダッシュ | |
エル(アール)・ナックル | ソルトウォーター | |
ブレーンクラッシャー(第一形態) | ||
ブレーンクラッシャー(第二形態) | スパークチェーサー | |
サンゴッド | スパークチェーサー・タンゴ |
同じステージで4回コンティニューするとライト研究所に行きロックンアームが強化されてロックンアームのスピードが早くなる。 さらに5回コンティニューすると、ロックンアームが強化されて、ロックンアームのスピードがさらに早くなる。 ただし、パスワードでは記憶されない。